Отделение нейроинфекций как самостоятельное подразделение организовано 1 января 1985 года. На сегодняшний день его коечный фонд составляет 40 коек.
В отделение госпитализируются дети с различной инфекционной патологией, протекающей с поражением нервной системы: менингококковой инфекцией, энтеровирусной инфекцией, менингитами и энцефалитами бактериальной и вирусной природы, поствакцинальными осложнениями, острыми вялыми параличами. Кроме того, отделение ведет прием больных гриппом и другими ОРВИ, протекающими с гипертемическим и судорожным синдромами. При необходимости в отделение госпитализируются дети с другой инфекционной патологией.
В отделении помимо стандартного обследования характерного для каждой нозологии, используются специальные методы диагностики: люмбальная пункция, компьютерные методы обследования, включая ЯМР, МРТ, УЗИ головного мозга.
Отделение стабильно работает с перевыполнением плана койко-дней (около 104-106%); летальность в отделении сведена к минимуму и варьирует от 0 до 0,085% в разные годы.
В отделении работают 4 врача: заведующий отделением, инфекционист и, с учетом специфики отделения, врач невролог.