В 2005 году МУЗ ГДБ № 1 включена в программу: «Доброжелательное отношение к ребенку». Выделена в самостоятельное лечебное заведение из состава женской консультации 02.01.1939 г. Директором больницы назначена Е.В. Вагина. В 1950 г. под размешение больницы передано здние по ул. Сталина, 126. В этом здании поликлиника располагалась до 1975 г. Детская больница стновиться детским больничо-поликлиническим объединением. С августа 1965 г. до августа 1968 г. в стационаре проводиться капитальный ремонт. В это время стационар не работал. Сотрудники отделений стационара были переведины в ГКБ №20. С 1975 г. поликлиника больницы распологаеться в новом типовом здании (ул. Ленина, 149). В 1977 г. Детское больнично-поликлиническое объединение переименовано в Городскую детскую больницу № 1. В сентябре 2000 г. на базе больницы открыто первое в г. Крсноярске специализированое реанимационное отделение для новорожденных. В 2001 г., при создании на базе стационара Городской детской больницы №3 — Специализированного дома ребенка, к ГДБ №1 присоединена поликлиника ГДБ№3. Больница становиться единым учереждением в Железнодорожном районе, оказывающим медицинскую помощь детям. На основании Постановления № 410 от 12.08.2008 г. Администрации г. Красноярска МУЗ «Городская детская больница №1» и МУЗ «Городская клиническая детская инфекционная больница №1» реорганизованы путем слияния и создано МУЗ «Городская детская клиническая больница №1». На основании Приказа МЗ КК №647 от 30.12.2013 г. учреждение переименовано в Краевое государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Красноярская межрайонная детская клиническая больница №1».