Отделение воздушно-капельных инфекций существует с момента открытия детской инфекционной больницы. В настоящее время коечный фонд отделения составляет 40 коек.
Основную группу больных в отделении (1200 – 1300 человек в год) составляют дети с острыми респираторными инфекциями, протекающими с синдромом крупа. В последние годы для оказания неотложной помощи этим пациентам успешно используется небулайзерная терапия. Ингаляции проводятся в специально оборудованном ингалятории, с применением современных, эффективных лекарственных препаратов. Подобное направление в лечении крупов позволило снизить количество тяжелых форм с 48% до 22 % и уменьшить частоту развития осложнений с 14% до 4 %. Также сведена до единичных случаев повторная госпитализация пациентов, а процент перевода больных в отделение реанимации и интенсивной терапии составляет не более 1 %. Летальности в отделении нет.